高新企業(yè)認證申請流程大致分為三塊。
一、前期準備
首先，不要急于去注冊高新技術企業(yè)認定管理工作網，要先通過高新技術企業(yè)認定工作指引比照企業(yè)是否符合認定標準，對于企業(yè)的弱項，比如：知識產權不足等進行補充后再進行注冊。
其次，企業(yè)對于各項資料的準備也可參考高新技術企業(yè)認定工作指引進行，如有疑問，可尋找專業(yè)人士進行準備。
最后，在各項材料準備基本完善的情況下注冊高新技術企業(yè)認定管理工作網。
二、中期申報
注冊成功后，按照高新技術企業(yè)認定管理工作網上需要的資料進行填寫，大概分為七個模塊。
1、企業(yè)基本情況；
2、知識產權概況；
3、人力資源狀況；
4、企業(yè)研究開發(fā)活動情況；
5、企業(yè)年度研究開發(fā)費用結構明細表；
6、上年度高新技術產品（服務）情況；
7、企業(yè)創(chuàng)新能力；
三、等待評審、公示
根據要求網上填寫完畢，到窗口遞交紙質材料，等到技術、財務專家評分，網站進行結果公示，公示期內無異議，正式成為高新技術企業(yè)。
四、領取各項優(yōu)惠
根據不同區(qū)稅務局要求，帶著高新技術企業(yè)證書及其他相關材料到稅務局備案，在當年可享稅收優(yōu)惠，資金補貼的話，一般在第二年進行發(fā)放，具體等通知。